وأقامت طهران علاقات متقلبة مع طالبان طوال فترة حكمها الأولى 1996-2001 من دون أن تعترف بها.
ولكن إيران كعادتها سرعان ما كتمت انتقامها خاصة أنها كانت تدرك جيدا ان باكستان القوة النووية لن تسكت على ضرب حليفتها طالبان، وستدخل في حرب مع إيران وميزان القوى وقتها كان يميل لباكستان.
همچین در سال ۲۰۱۲، هیئتی از طالبان در کنفرانس بیداری اسلامی در تهران، حضور یافته بود.