وفي عام ، قام من ، بغزوا ، وأجرى بعض التحسينات المسجلة للمسجد.
يحتوي المسجد على دفن جسد يوحنا المعمدان — النبي يحيى — صهر المسيح ، ولم يبق من آثاره المسيحية سوى جرن المعمودية ونقش باليوناني يمدح المسيح على أحد الجدران.
وفي عام ، تعرض الجدار الشمالي للمسجد مرة أخرى لأضرار بسبب اندلاع حريق، وأعيد بناؤه من قبل السلطان الأيوبي حكم 1174-1193 ، جنبا إلى جنب مع مئذنة العروس، التي كانت قد دمرت في الحريق الذي وقع سنة ، وخلال النزاعات الداخلية بين الأمراء الأيوبيين لاحقًا، تعرضت مدينة دمشق بسب هذه النزاعات لأضرار كبيرة، وفي عام ، تم تدمير المئذنة الشرقية للمسجد المعروفة ب مئذنة عيسى على يد سابع خلافاء ، أثناء محاصرته لدمشق في عهد الصالح إسماعيل.