وظلت عمليات الترميم قائمة حتى جاء الاحتلال الإسرائيلي فتوقفت المسجد الأقصى تحت الاحتلال الغاشم الحفريات قام اليهود منذ احتلالهم القدس عام 1967 م بعمليات الحفر والتي يزعمون أن الهدف من ورائها هو العثور على أنقاض هيكل سليمان، لكن الحقيقة هي تفريغ الأرضية تحت المسجد الأقصى لتصبح أساساته هشة وبالتالي تهدمه — لا قدر الله- وقد مرت عمليات الحفر بعشر مراحل — المرحلتان الأولى والثانية: 1967 م- 1969 م.
تتكون هيئة المبنى العامة لقبـة الصخرة من شكل ثماني الأضلاع، مقبب، بقبة مركزية ضخمة، يضم فضاؤها الصخرة المكرمة؛ ويصل ارتفاع القبة إلى خمسة وثلاثين متراً، عدا ارتفاع الهلال عند رأس القبة الذي يرتفع إلى أربعة أمتار أخرى.
ترتفع هذه الصخرة نحو 1,5 متراً عن أرضية البناء، وهي غير منتظمة الشكل يتراوح قطرها بين 13 و 18 متراً، وتعلو الصخرة في الوسط قبة دائرية بقطر حوالي 20 متراً، مطلية من الخارج بألواح الذهب ، إرتفاعها 35م، يعلوها هلال بإرتفاع 5م.